| 整理番号 | 旧 菌種 | 新（統一）菌種名 |
|---|
| 1 | Enterococcus faecium | エンテロコッカス・フェシウム |
| 2 | Q熱リケッチア | Q熱リケッチア(コクシエラ・プルネティ） |
| 3 | アクチノパチラス・アクチノミセテムコミタンス | アクチノパチラス・アクチノミセテムニミタンス |
| 4 | アクネ菌 | アクネ菌 |
| 5 | アシネトパクター | アシネトパクター属 |
| 6 | アシネトパクター属 | アシネトパクター属 |
| 7 | アルカリゲネス | アルカリゲネス属 |
| 8 | アルカリゲネス属 | アルカリゲネス属 |
| 9 | インフルエンザ菌 | インフルエンザ菌 |
| 10 | エイケネラ・コローデンス | エイケネラ・コローデンス |
| 11 | エンテロコッカス・フェカーリス | エンテロコッカス・フェカーリス |
| 12 | エンテロパクタ− | エンテロパクタ_属 |
| 13 | エンテロパクター属 | エンテロパクタ−属 |
| 14 | カプノサイトファーガ属 | カプノサイトファーガ属 |
| 15 | カンジダ属 | カンジダ属 |
| 16 | カンピロパクター属 | カンピロパクター属 |
| 17 | キサントモナス・マルトフィリア | ステノトロホモナス（ザントモナス）・マルトフィリア |
| 18 | クラミジア・トラコマティス | トラユーマクラミジア（クラミジア・トラコマティス） |
| 19 | クラミジア・ニューモニエ | 肺炎クラミジア（クラミジア・ニューモニエ） |
| 20 | クラミジア属 | クラミジア属 |
| 21 | クレプシェラ | クレプシエラ属 |
| 22 | クレプシエラ | クレプシエラ属 |
| 23 | クレプシエラ・エロパクター菌 | クレブシエラ属、エンテロパクタ−属 |
| 24 | クレプシエラ菌 | クレプシエラ属 |
| 25 | クレプシェラ属 | クレプシエラ属 |
| 26 | クレプシエラ属 | クレブシエラ属 |
| 27 | クロアカ | エンテロパクタ−・クロアカ |
| 28 | クロストリジウム・ディフィシル | クロストリジウム・ディフィシル |
| 29 | コッホ・ウィークス菌 | ヘモフィルス・エジプチウス（コッホ・ウィークス菌） |
| 30 | コリネパクテリウム属 | コリネパクテリウム属 |
| 31 | コリネパクテリウム属菌 | コリネパクテリウム属 |
| 32 | コレラ菌 | コレラ菌 |
| 33 | サルモネラ | サルモネラ属／チフス菌／パラチフス菌 |
| 34 | サルモネラ属 | サルモネラ属／チフス菌／パラチフス菌 |
| 35 | サルモネラ属（チフス菌、パラチフス菌を除く） | サルモネラ属（チフス菌、パラチフス菌を除く） |
| 36 | サルモネラ属（チフス菌､パラチフス A菌、パラチフスB菌を除く） | サルモネラ属（チフス菌、パラチフス菌を除く） |
| 37 | シゲラ属 | 赤痢菌 |
| 38 | シトロパクター | シトロパクター属 |
| 39 | シトロパクター属 | シトロパクター属 |
| 40 | ジフテリア菌 | ジフテリア菌 |
| 41 | シュードモナス・セパシア | パークホルデリア・セパシア |
| 42 | シュードモナス・プチダ | シュードモナス・プチダ |
| 43 | シューードモナス・フルオレッセンス | シュードモナス・フルオレッセンス |
| 44 | シュードモナス・マルトフィリア | ステノトロホモナス（ザントモナス）・マルトフィリア |
| 45 | シュードモナス属 | シュードモナス属／ ステノトロホモナス（ザントモナス)･マルトフィリア／パークホルデリア・セパシア／緑膿菌 |
| 46 | ジュクレイ菌 | 軟性下疳菌 |
| 47 | 髄膜炎菌 | 髄膜炎菌 |
| 48 | ステノトロホモナス（キサントモナス）・マルトフィリア | ステノトロホモナス（ザントモナス）・マルトフィリア |
| 49 | セラチア | セラチア属 |
| 50 | セラチア・マルセスセンス | セラチア・マルセスセンス |
| 51 | セラチア属 | セラチア属 |
| 52 | 大腸菌 | 大腸菌 |
| 53 | チフス菌 | チフス菌 |
| 54 | トラコーマクラミジア | トラコーマクラミジア（クラミジア・トラコマティス） |
| 55 | トラコーマ病原体 | トラコーマクラミジア（クラミジア・トラコマティス） |
| 56 | パークホルデリア・セパシア | パークホルデリア・セパシア |
| 57 | 肺炎桿菌 | 肺炎桿菌 |
| 58 | 肺炎球菌 | 肺炎球菌 |
| 59 | パイフェル菌 | インフルエンザ菌 |
| 60 | パイフエル菌 | インフルエンザ菌 |
| 61 | 白色（表皮）ブドウ球菌 | 表皮ブドウ球菌 |
| 62 | パクテロイデス | パクテロイデス属／ プレボテラ属（プレポテラ・ピピアを除く） |
| 63 | パクテロイデス属 | パクテロイデス属／ プレポテラ属（プレポテラ・ピビアを除く） |
| 64 | パシラス属 | パシラス属 |
| 65 | パラチフス菌 | パラチフス菌 |
| 66 | バンコマイシン耐性 Enterococcus faecium | パンコマイシン耐性エンテロコッカス・フェシウム |
| 67 | フィロモナス・ジンジパリス | ポルフィロモナス・ジンジパリス |
| 68 | フソパクテリウム・ヌクレアタム | フソパクテリウム・ヌクレアタム |
| 69 | フソパクテリウム属 | フソパクテリウム属 |
| 70 | ブドウ球菌 | ブドウ球菌属 |
| 71 | ブドウ球菌属 | ブドウ球菌属 |
| 72 | ブ ドウ球菌属（MRSAを除く） | ブドウ球菌属 |
| 73 | フラポパクテリウム | フラポバクテリウム属 |
| 74 | フラポパクテリウム属 | フラポパクテリウム属 |
| 75 | プランハメラ・カタラーリス | モラクセラ（プランハメラ）・カタラーリス |
| 76 | プランハメラ・カタラリス | モラクセラ（ブランハメラ）・カタラーリス |
| 77 | プランハメラ属 | ブランハメラ属／削除【カタラーリスが抜け､プランハメラ属に残存する菌種がない時】 |
| 78 | ブルセラ属 | プルセラ属 |
| 79 | プレポテラ・インターメディア | プレポテラ・インターメディア |
| 80 | プレボテラ・メラニノジェニ力 | プレポテラ・メラニノジェニ力 |
| 81 | プレポテラ属 | プレボテラ属 |
| 82 | プレポテラ属(プレボテラ・ビピアを除く） | プレボテラ属(プレボテラ・ビビアを除く） |
| 83 | プロテウス | プロテウス属／ モルガネラ・モルガニー／ プロビデンシア属 |
| 84 | プロテウス（プロテウス・ミラピリス、プロテウス・プルガリス、モルガネラ・モルガニー、プロピデンシア・レットゲリ） | プロテウス属、モルガネラ・モルガニー、プロビデンシア・レットゲリ |
| 85 | プロテウス・ブルガリス | プロテウス・ブルガリス |
| 86 | プロテウス・ブルガリス、プロテウス・ミラビリス、プロテウス・モルガニー、プロテウス・レットゲリ | プロテウス属、プロビデンシア・レットゲリ、モルガネラ・モルガニー |
| 87 | プロテウス・ミラビリス | プロテウス・ミラビリス |
| 88 | プロテウス・ミラビリス、プロテウス・ブルガリス、プロテウス・レットゲリー、プロテウス・モルガニー | プロテウス属、プロビデンシア・レットゲリ、モルガネラ・モルガニー |
| 89 | プロテウス・モルガニー | モルガネラ・モルガニー |
| 90 | プロテウス・レットゲリ | プロビデンシア・レットゲリ |
| 91 | プロテウス・レットゲリー | プロビデンシア・レットゲリ |
| 92 | プロテウス・レットゲレラ | プロビデンシア・レットゲリ |
| 93 | プロテウスミラビリス | プロテウス・ミラビリス |
| 94 | プロテウス菌 | プロテウス属／モルガネラ・モルガニー／プロビデンシア属 |
| 95 | プロテウス属 | プロテウス属／モルガネラ・モルガニー／プロビデンシア属 |
| 96 | プロテウス属(プロテウス・ブルガリス、プロテウス・ミラビリス、プロテウス・モルガニー､プロテウス･インコンスタンス） | プロテウス属、モルガネラ・モルガニー、プロビデンシア・インコンスタンス |
| 97 | プロテウス（プロテウス・ミラビリス，プロテウス・ブルガリス，プロテウス・レットゲリ，プロテウス・モルガニー） | プロテウス属、プロビデンシア・レットゲリ、モルガネラ・モルガニー |
| 98 | プロテウス属(プロテウス・ミラビリス、プロテウス・ブルガリス） | プロテウス属 |
| 99 | プロテウス（プロテウス・ミラビリス，プロテウス・レットゲリ，プロテウス・モルガニー） | プロテウス・ミラビリス、プロビデンシア・レットゲリ、モルガネラ・モルガニー |
| 100 | プロテウス属(プロテウス・ミラビリス、プロテウス・ブルガリス、プロビデンシア・レットゲリ、プロビデンシア,インコンスタンス） | プロテウス属、プロビテンシア属 |
| 101 | プロテウス属（プロテウス・ミラビリス、プロテウス・ブルガリス、モルガネラ・モルガニー、プロビデンシア・レットゲリ） | プロテウス属、モルガネラ・モルガニー、プロビデンシア・レットゲリ |
| 102 | プロテウス属(プロテウス・ミラビリス、プロテウス・プルガリス、モルガネラ・モルガニー、プロピデンシア・レットゲリ、プロピデンシア・インコンスタンス） | プロテウス属、モルガネラ・モルガニー、プロピデンシア属 |
| 103 | プロピオニバクテリウム | アクネ菌 |
| 104 | プロピオニバクテリウム・アクネス | アクネ菌 |
| 105 | プロピオニバクテリウム属 | アクネ菌 |
| 106 | プロビデンシア | プロビデンシア属／プロビデンシア・レットゲリなど |
| 107 | プロビデンシア属 | プロビデンシア属 |
| 108 | ペスト菌 | ペスト菌 |
| 109 | ペプトコッカス | ペプトストレプトコッカス属 |
| 110 | ペプトコッカス属 | ペプトストレプトコッカス属 |
| 111 | ペプトストレプトコッカス属 | ペプトストレプトコッカス属 |
| 112 | ヘモフィルス・エジプチウス(コッホ・ウィークス菌） | ヘモフィルス・エジプチウス（コッホ・ウィークス菌） |
| 113 | ヘモフィルス属 | インフルエンザ菌／ヘモフィルス･エジプチウス（コッホ・ウィークス菌）／軟性下疳菌 |
| 114 | ヘモフィルス属(インフルエンザ菌、コッホ・ウィークス菌） | インフルエンザ菌、ヘモフィルス・エジプチウス（コッホ・ウィークス菌） |
| 115 | ヘモフィルス属(コッホ・ウイークス菌） | へモフィルス・エジプチウス（コッホ・ウィークス菌） |
| 116 | ヘモフィルス属[インフルエンザ菌、ヘモフィルス・エジプチウス(コッホ・ウィークス菌)] | インフルエンザ菌、ヘモフィルス．エジプチウス（コッホ・ウィークス菌） |
| 117 | ヘリコパクター・ピロリ感染 | ヘリコパクター・ピロリ |
| 118 | 放線菌 | 放線菌 |
| 119 | ポルフィロモナス・ジンジバリス | ポルフィロモナス・ジンジバリス |
| 120 | マイコバクテリウム・アビウムコンプレックス（MAC） | マイコバクテリウム･アビウムコンプレックス（MAC） |
| 121 | マイコプラズマ | マイコプラズマ属 |
| 122 | マイコプラズマ・ニューモニア | 肺炎マイコプラズマ（マイコプラズマ・ニューモニエ） |
| 123 | マイコプラズマ・ニューモニエ | 肺炎マイコプラズマ（マイコプラズマ・ニューモニエ） |
| 124 | マイコプラズマ属 | マイコプラズマ属 |
| 125 | ミクロコッカス属 | ミクロコッカス属 |
| 126 | メチシリン･セフェム耐性の黄色ブドウ球菌 | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA） |
| 127 | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA) | メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA) |
| 128 | モラー・アクセンフェルト菌 | モラクセラ・ラクナータ（モラー・アクセンフェルト菌） |
| 129 | モラキセラ属 | モラクセラ属 |
| 130 | モラクセラ(ブランハメラ）・カタラーリス | モラクセラ(ブランハメラ)・カタラーリス |
| 131 | モラクセラ・ラクナータ(モラー・アクセンフェルド菌） | モラクセラ・ラクナータ(モラー・アクセンフェルト菌） |
| 132 | モラクセラ属 | モラクセラ属 |
| 133 | モラクセラ属(モラー・アクセンフェル卜菌） | モラクセラ・ラクナータ(モラー・アクセンフェル卜菌) |
| 134 | モルガネラ | モルガネラ・モルガニー |
| 135 | モルガネラ・モルガニー | モルガネラ・モルガニー |
| 136 | モルガネラ属 | モルガネラ・モルガニー |
| 137 | らい菌 | らい菌 |
| 138 | リケッチア | リケッチア属／リケッチア属(オリエンチア・ツツガムシ） |
| 139 | リケッチア属 | リケッチア属／リケッチア属(オリエンチア・ツツガムシ） |
| 140 | レジオネラ属 | レジオネラ属 |
| 141 | レットゲレラ | プロビデンシア・レットゲリ |
| 142 | レプトスピラ | レプトスピラ属／ワイル病レプトスピラ |
| 143 | レンサ球菌 | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌／腸球菌属 |
| 144 | 連鎖球菌 | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌／腸球菌属 |
| 145 | レンサ球菌(腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 146 | 連鎖球菌(腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 147 | レンサ球菌属 | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌／腸球菌属 |
| 148 | 連鎖球菌属 | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌／腸球菌属 |
| 149 | レンサ球菌属(ただし腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 150 | 連鎖球菌属(ただし腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 151 | レンサ球菌属(腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 152 | 連鎖球菌属(腸球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／レンサ球菌属／肺炎球菌 |
| 153 | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／腸球菌属 |
| 154 | 連鎖球菌属（肺炎球菌を除く） | レンサ球菌属（肺炎球菌を除く）／腸球菌属 |
| 155 | 黄色ブドウ球菌 | 黄色ブドウ球菌 |
| 156 | 化膿レンサ球菌 | レンサ球菌属 |
| 157 | 結核菌 | 結核菌 |
| 158 | 嫌気性菌(プロピオニバクテリウム・アクネス） | アクネ菌 |
| 159 | 赤痢菌 | 赤痢菌 |
| 160 | 赤痢菌属 | 赤痢菌 |
| 161 | 鼠径リンパ肉芽腫症ウイルス | トラコーマクラミジア（クラミジア・トラコマティス） |
| 162 | 炭疽菌 | 炭疽菌 |
| 163 | 腸炎ビブリオ | 腸炎ビブリオ |
| 164 | 腸球菌 | 腸球菌属／腸球菌属（エンテロコッカス・フェシウムを除く） |
| 165 | 腸球菌(エンテロコッカス・フェシウムを除く) | 腸球菌属（エンテロコッカス・フェシウムを除く） |
| 166 | 腸球菌属 | 腸球菌属／腸球菌属（エンテロコッカス・フェシウムを除く） |
| 167 | 肺炎マイコプラズマ | 肺炎マイコプラズマ（マイコプラズマ・ニューモニエ） |
| 168 | 梅毒トレポネーマ | 梅毒トレポネーマ |
| 169 | 百日咳菌 | 百日咳菌 |
| 170 | 表皮ブドウ球菌 | 表皮ブドウ球菌 |
| 171 | 変形菌 | プロテウス属／モルガネラ・モルガニー／プロピビデンシア属 |
| 172 | 変形菌(インドール陽性及び陰性） | プロテウス属／モルガネラ・モルガニー／プロビデンシア属 |
| 173 | 変形菌(特にプロテウス・ミラビリス） | プロテウス・ミラビリス |
| 174 | 野兎病菌 | 野兎病菌 |
| 175 | 溶血レンサ球菌 | レンサ球菌属、肺炎球菌／レンサ球菌属（肺炎球菌を除く） |
| 176 | 溶血性レンサ球菌 | レンサ球菌属、肺炎球菌／レンサ球菌属（肺炎球菌を除く） |
| 177 | 溶血連鎖球菌 | レンサ球菌属、肺炎球菌／レンサ球菌属（肺炎球菌を除く〉 |
| 178 | 緑膿菌 | 緑膿菌 |
| 179 | 緑色レンサ球菌 | レンサ球菌属 |
| 180 | 緑膿菌 | 緑膿菌 |
| 181 | 淋菌 | 淋菌 |
| 182 | 霊菌 | セラチア属 |
| 183 | カリニ原虫 | ニューモシスチス・カリニ |